La capilla funeraria que los Reyes Católicos ordenaron por real cédula del 13 de septiembre de 1504 y que Enrique Egas empezó en 1505 en estilo gótico; se construyó hasta 1517. Guarda los sepulcros de Isabel y Fernando, de Domenico Fancelli, y los de Juana y Felipe, de Bartolomé Ordóñez. La antigua sacristía es hoy museo, y la lonja de 1518 sirve de entrada al conjunto.
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